亚星游戏

　　近日，亚星游戏（国度生物信息中心）国度基因组科学数据中心开发的人类癌症代谢物关联知识库（MACdb）正式上线。该钻研成就以“MACdb: A curated knowledgebase for metabolic associations across human cancers”为题在Molecular Cancer Research 期刊在线颁发。

　　癌症代谢组通过对幼分子代谢物的全局分析反映癌症类型、基因组异常、药物医治规划等癌症状态的关键信息，鉴定的差距代谢物作为生物标志物被宽泛利用于肿瘤诊断和医治反映评估。随着代谢组学钻研的发展，针对分歧癌症类型、基因组异常、药物反映评估的代谢物关联关系已被宽泛报路。癌症-代谢物的关联关系分散在分歧的钻研且存在定名不统一的问题，这为综合评估代谢产品在癌症中的作用、寻找可用于癌症早期诊断的标志物带来了巨大的挑战。

　　MACdb成立了癌症-代谢物关联关系的网络尺度，通过使用一系列本体（Ontology）对癌症类型、特点、代谢物尺度化，将收录信息存储于代谢物（Metabolite）、特点（Trait）、钻研(Study)和出版物(Publication)四类浏览页面，实现分散数据的整合与无缝关联。目前，基于对17类高发病率或高殒命率癌症代谢组学文件的人为审编，MACdb共收录了462篇文件中的40,710个癌症-代谢物关联关系，涵盖269个癌症特点。

　　MACdb提供了一系列敦睦的用户界面，以支持钻研人员交互式浏览、检索、可视化以及富集癌症-代谢物关联关系。MACdb支持从癌症类型、特点、代谢物名称、文件ID等层面急剧检索和筛选信息，提供癌症、特点、代谢物三个层面关联的可视化知识图谱（Knowledge Graph），建设代谢物尺度化（NameToCid）工具，实现代谢物名称与PubChem Cid的映射。此表，基于40,710个癌症-代谢物关联关系构建的富集工具(Enrichment)，提供代谢物和癌症类型、特点的富集分析。MACdb是当前最全面的人类癌症-代谢物关联知识库，为全方位钻研分歧癌症类型、特点中的代谢物关联关系，鉴别癌症中的关键代谢象征物提供支持。随着越来越多的代谢物在癌症中的作用被揭示，MACdb将为人类癌症钻研提供更多增值服务。

　　北京基因组钻研所（国度生物信息中心）工程师孙艳玲及郑欣畅，博士钻研生王国梁及硕士钻研生王钇博为本文共同第一作者，赵文化正高级工程师和鲍一明钻研员为共同通讯作者。本工作得到中科院战术性先导科技专项及亚星游戏基因组科学数据中心项主张赞助。

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MACdb内容概览