亚星游戏

　　叶绿体是植物把光能转化为化学能的重要细胞器，拥有独立的基因组。自植物叶绿体基因组被发现以来，其已被宽泛利用于揭示植物系统进化关系、光合作用调控机造钻延注叶绿体基因工程等方面。随着基因测序技术的发展，只管已颁布了海量的植物叶绿体基因组序列，但若何整合利用这些数据目前仍面对数据定名尺度不统一、数据信息不全及较高经济价值的物种尚未进行测序等诸多问题。

　　近日，亚星游戏（国度生物信息中心）国度基因组科学数据中心章张、宋述慧团队结合中国中医科学院中药资源中心袁媛、黄璐琦团队开发了迄今为止物种数量最多的叶绿体基因组综合数据库Chloroplast Genome Information Resource (CGIR)。CGIR收录了来自11,946个物种的19,388条叶绿体基因组序列，其中蕴含利用全国第四次中药资源普查标本自测的718种未颁发的叶绿体基因组序列，依照基因组(Genomes)、基因(Genes)、微卫星序列(SSRs)、DNA条形码(Barcodes)、DNA特点序列(DSSs)五个职能？槎允萁凶橹胫卫。钻研成就以“Towards comprehensive integration and curation of chloroplast genomes”为题在国际期刊Plant Biotechnology Journal上颁发。

　　凭据生物物种名录(The Catalogue of Life)，经过大规模人为审编，CGIR首先对所收录叶绿体基因组的物种分类信息进行了审编，依照纲、目、科、属、种分歧分类层级进行了整顿，并凭据权威植物钻研机构邱园颁布的世界职能植物名录(World Checklist of Useful Plant Species)对药用植物、食用植物、环境植物、能源植物、有毒植物、能源植物等进行了标注。同时，CGIR对基因名的不规范定名、异名、谬误注解等情况也进行了审编建改。在此基础上，对各基因组的基因注解信息进行系统整顿，为用户检索、浏览和信息获取提供方便。

　　针对分子象征开发这一叶绿体基因组最为常见的利用情景，CGIR使用生物信息学步骤推算了所收录叶绿体基因组的微卫星序劣注DNA条形码和DNA特点序列三种分歧类型分子象征信息，且同时开发了相应的树型视图方便用户凭据分类层级信息急剧寻找指标象征，简化了钻研人员开发分子象征的流程。

　　综上，CGIR通过自主测序、整合公开基因组资源和人为数据审编向用户提供了目前为止最全面、物种数量最多的叶绿体基因组数据。经审编的物种分类、物种职能、基因名称与序劣注分子象征等保障了数据的高度靠得住，对植物系统发育、物种鉴定、叶绿体基因工程的发展均拥有重要意思。

　　该钻研由中国中医科学院中药资源中心、中科院北京基因组钻研所(国度生物信息中心)共同实现
；幸徊┦孔暄猩⑻锒饭こ淌Α⒔弊暄性，宋述慧钻研员为本文共同第一作者，袁媛钻研员，章张钻研员和黄璐琦院士为共同通讯作者。该钻研得到了科技基础资源调查专项、中国中医科学院科技创新工程项目、中央本级重大增减支项目“名贵中药资源可持续利用能力建设项目”的赞助。

　　论文链接

CGIR数据处置示意图及重要职能？榈氖萃臣