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国度基因组科学数据中心颁布2019新型冠状病毒资源库

  2020122日,国度基因组科学数据中心正式颁布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织(WHO)、中国疾病预防节造中心(CDC)、美国国度生物技术信息中心(NCBI)、全球流感序列数据库(GISAID)等机构公开颁布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文件、新闻动态、科普文章。同时,对分歧冠状病毒株的基因组序列做了变异分析与展示。 

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   2019新型冠状病毒基因组序列颁布动态 

  2019新型冠状病毒资源库收录了起源于NCBIGenBank数据库和GISAID数据库颁布的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采样日期、采样地址、样本提供单元、数据递交单元等元信息。通过该资源库还可接见到国度基因组科学数据中心基因组数据库GWH从公共数据库收录的冠状病毒科基因组和蛋白序列,用户可基于Accession号、种名、属名、采样日期、采样地址、宿主、分离源、颁布日期等元信息筛选感兴致的冠状病毒株,个性化拔取序列进行下载以发展有关的科学钻研。 

  2019新型冠状病毒资源库将持续更新元信息与基因组序列数据,实时监控NCBIPubMed数据库中颁发的2019新型冠状病毒和其他冠状病毒的学术文件、中新网与新华网颁布的新闻,同步更新世界卫生组织与中国疾病预防节造中心颁布的科普介绍,为用户发展学术钻延注把握科研进展、相识新闻动态与科学知识提供资源与窗口。 

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   GWH数据库收录的冠状病毒科基因组序列信息 

  2019新型冠状病毒资源库基于分歧参考基因组序列发展2019-nCoV病毒株基因组变异分析,并对了局进行了统计与可视化展示。通过对全基因组序列类似性比力和变异位点分析,获取2019-nCoV病毒株之间、2019-nCoV病毒株与SARS冠状病毒以及与类SARS冠状病毒蝙蝠株之间的变异水平、变异区域、变异碱基的具体信息。经数据分析,2019-nCoV2003年发作的SARS病毒基因组序列类似度为80%,与20172月从国内的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因组序列类似性最高,类似度为88%。对2019-nCoV病毒株的基因组变异分析为追忆病毒起源、追踪病毒株变异蹊径、防控新型冠状病毒引发的疫情、医治病毒性肺炎提供重要的数据基础与决策支持。 

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   2019新型冠状病毒基因组变异分析:基因组变异分析的参考基因组为GenBank颁布的2019新型冠状病毒株基因组序列MN908947.3,SARS-CovSARS 冠状病毒,bat-SL-CoVZC45为类SARS冠状病毒蝙蝠株,其余基因组序列起源于GISAID颁布的2019新型冠状病毒株。红色竖线暗示变异位点。 

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