亚星游戏

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2016年第5期
Big Data and Precision Medicine专刊内容简介

  2016年第5期Genomics, Proteomics & Bioinformatics(GPB)出版了Big Data and Precision Medicine (大数据与精准医学)专刊,由亚星游戏雷红星钻研员和方向东钻研员担任本期特邀编纂。目前,“精准医学”已成为蕴含中国在内很多国度生物医学领域的一面旗号。随着大数据时期的来临,若何充分开发、利用多组学数据,将其作为精准医学凭据,并用于个性化医疗是生物医学领域有待解决的重要问题。本期内容涵盖了多位科学家对精准医学的意识、表观基因组、靶向药物医治、癌症与精准医学等诸多问题,并对大数据布景下的精准医学进行了科学瞻望。

  本期共颁发文章8篇,蕴含1篇概想,1篇点评,4篇综述,1篇钻研性文章及1篇会议报路,均为约请来稿:

  1. 2016年8月13日,亚星游戏和亚星游戏北京性命科学钻研院结合主办了第五届青年生物信息PI钻研会,聚焦生物信息学及其在前沿钻研中大数据整合和挖掘方面的利用;嵋槲80多名生物信息学领域的专家到会,为各人提供了一个高效的互换平台,深刻探求了生物信息学在精准医学中的作用和存在的问题。我们约请20余位PI为各人总结了钻研会参会者的重要概想,但愿疏导出更多的会商来援手有关方面策动新的打算和发展新的合作。

  2. 美国卫理公会医院钻研所、康奈尔大学陈开富博士等对染色体上H3K4me3富集区域宽度变动的有关钻研进行了点评。H3K4me3是染色体上可能出现的几百种组蛋白建饰中的一种,从前的钻研重要关注H3K4me3的富集强度。然而,近期颁发于Cell、Nature Genetics、Nature等杂志的多篇论文陆续揭示了染色体上相当数量的 H3K4me3富集区域能够变得异?泶蟆⒚扛銮蚋哺鞘蚋黾罨。他们以为,H3K4me3 富集区域的宽度变动拥有重要的分子生物学职能,可能编码一些尚未通达的表观调控机造。

  3. 2014年,位于英国的牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies) 推出了世界上最幼的测序仪——MinION。桑格钻研所宁泽民博士等人综述介绍了该纳米孔测序仪MinION的根基结构、工作道理和数据特点;重点分析了长片段、高误差数据的组装,与PacBio 组装进行比力,并介绍了目前的利用情况及瞻望了该仪器的发展远景。MinION拥有便携性、经济性和数据的急剧产生性,已经推出,即获得了宽泛关注,拥有很好的利用远景。

  4. 作为全球肿瘤殒命成分的罪魁祸首,肺癌是一种由多成分综合诱发的恶性肿瘤,其中非幼细胞肺癌病人约占肺癌患者的 85%。因而,非幼细胞肺癌发病的分子机造钻研是极度重要,而长链非编码 RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表白与非幼细胞肺癌的发生发展有着亲昵的关系。中科院动物所周光飚博士等综述介绍了lncRNA的发现史、个性、职能以及它们在非幼细胞肺癌早期诊断、吩熠或者预后和药物医治中的作用等,方便钻研者们对lncRNA与非幼细胞肺癌关系的钻研索求。

  5. 阿尔兹海默症(Alzheimer’s Disease, AD)是一种慢性神经退行性疾病,早期症状阐发为短时影象失落,随着病情发展,病人症状重要阐发为说话阻碍、迷失方向感等。中科院北京基因组所雷红星博士等综述了精准医疗下的AD,为AD的钻研提供了新的思路。他们以为,针对AD病人分歧的亚群应选取相对应的过问战术。而亚群分类可基于患者的一些通例信息及其他生理信息,蕴含春秋、性别、受教育水平、基因组、表周血标志物等。只有全方位网络患者的信息,能力更好地对AD病人进行精确细分,从而更深档次意识AD的发病机造,最终针对每种AD病人亚型进行有效的精准医治。

  6. 药物基因组学是钻研和评估特定药物反映相对应的特定基因变异,是精准医学的重要组成部门。浙江大学、浙江加州国际纳米技术钻研院陈枢青博士等综述会商了多个造成个别药物反映差距的重要基因多态性位点,如编码I相药物代谢酶CYP家族中的CYP2D6基因等可能产生的职能影响、分歧地域群体散布的频率差距,探求了在药物相互作用时药物代谢酶与转运蛋白间的协同效应等。他们以为,随着对药物基因组学的深刻钻研,特定药物造成分歧种族间分歧个别间的药物反映差距的遗传变异应该是药物开发、伴随诊断试剂开发和临床用药领导等可依附的重要标志物。

  7. 微生物钻研网络宽泛利用于微生物组学16SrRNA的数据分析。然而,由于宏基因组钻研中重大的基因群,重建和分析齐全的微生物基因网络成为一个相当辣手的问题。清华大学江瑞博士携带的团队将微生物基因组比对到职能单元上,以便重建和分析微生物职能网络。并且,基于Ⅱ型糖尿病患者及健全对照肠内微生物组的深度测序了局,他们设计了两种统计步骤揣度职能单元的互有关系,成立起一个相对全面的职能网络。这项钻研为Ⅱ型糖尿病患者与肠内微生物组互有关系的钻研提供了一个新的思路。

  8. 天津医科大学、国度癌症临床钻研中心李慧博士报路了9月22至24日在天津召开的“第一届中美肿瘤精准医学顶峰论坛”的重要内容。在这次顶峰论坛中,来自中美两国的5位院士及全球肿瘤学领域专家、学者肿瘤学领域最受关注的精准医学进行了深刻钻研。大会充分聚焦肿瘤精准医学,就肿瘤精准医疗的政策和治理、投资、钻研平台建设、肿瘤基因组学钻延注生物大数据、精准免疫医治、肿瘤精准医疗的临床利用等多个当下全球肿瘤防治前沿热点话题,通过大会汇报的大局进行了探求;嵋槠诩浠菇辛烁咄坎庑蚝蜕锎笫菁吧镄畔⒀Х治雠嘌蛋。这次会议极大得加强了领域内钻研者的互换与合作,推进了肿瘤精准医学领域的发展。

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