亚星游戏

基因组所章张钻研员实现开发RiceWiki数据库

  近日 ,亚星游戏章张钻研员课题组与北京理工大学、中国林业科学钻研院及华中农业大学合作开发实现RiceWiki数据库 。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台 ,是可编纂且内容公开的公家注解系统 。钻研成就在Nucleic Acids Research杂志颁发 。 

  水稻是人类重要的粮食作物之一 ,同时也是钻研农作物及其他有关植物的重要模式生物 。因而 ,水稻成为第一个全基因组测序的农作物 。随着水稻基因组学和转录组学钻研的深刻 ,先后出现了BGI-RIS ,TIGR ,RAP-DBRGKbase等专业数据库 。这些数据库多是依赖专业人员的编纂更新 ,不仅费时费劲 ,并且成本也逐步增长 ,导致其更新速度远远落后于水稻数据的指数增长 。RiceWiki数据库的优势在于汇集整个水稻钻研领域的科研人员的智慧和力量 ,共同美满水稻基因的有关信息和数据更新 ,以期构建一部水稻基因的百科全书 。 

  目前 ,RiceWiki已经整合了两个水稻栽培亚种的基因数据(O. sativa indica 93–11 O. sativa japonica Nipponbare) ,涵盖66000多个水稻基因的有关信息 。水稻基因的原始资料重要起源于RefSeq NCBI) ,Ensembl ,RAP-DBMSU Rice Genome Annotation Project 。每个水稻基因的资料由注解信息、钻研该基因的有关尝试室以嘉拷寮文件和结构信息组成 。 

  为相识决著述权的问题 ,RiceWiki还引入了作者嘉奖机造(AuthorReward) ,不仅能够评价基因注解信息的质量 ,还能够提高有关领域科研人员的参加度 。RiceWiki允许注册用户随时创造 ,更新和批改水稻基因信息 ,显著的简化了资料网络 ,分析和整顿的过程 ,以适应生物学数据的爆炸式增长模式 。    

  RiceWiki数据库 

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   RiceWiki数据库截屏 

   

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