基因组所国际合作项目“椰枣基因组测序及职能钻延妆获进展
最近,由亚星游戏与沙特阿卜杜拉国王科技城(King Abdulaziz City for Science and Technology, KACST)共同启动的合作项目“枣椰 (Phoenix dactylifera L.)基因组打算”获得系列进展,本月初其标志性钻延转—枣椰全基因组草图在《Nature Communications》杂志颁发。
“中沙枣椰基因组打算”始于2008年8月,旨在与沙特王国科学界成立亲昵合作,共建系统的基因组学钻研平台,并结合发展人类遗传学和疾病基因组学、棕榈科植物(枣椰、椰子、油棕等)、重要农作物(如水稻、桂花等)、戈壁抗旱植物、油井环境微生物等基因组测序与比力基因组学等科学钻研项目。枣椰是中东和北非地域宽泛种植的重要农作物,拥有重要的经济价值。而其地点的棕榈科物种繁多,散布宽泛,系统分类职位特殊。为了揭示枣椰的产量、生殖和抗逆等分子遗传机造,基因组所于军钻研员和胡松年钻研员辅导的钻研团队首先发展了枣椰基因组测序项目。
该钻研团队获得了椰枣重要栽培品系(Khalas)的高质量基因组组装了局和另表三个枣椰品系的高覆盖度基因组草图。Khalas基因组组装大幼为605.4 Mb,覆盖了全基因组序列(~671 Mb)的90%以上和枣椰基因的96%(41,660)以上。枣椰基因组序列分析了局批注其基因组经历了一次显著的基因组加倍(genome-wide duplication,GWD)和一次潜在的基因组加倍或大领域基因组片段加倍。遗传变异分析显示胁迫抵抗基因和糖代谢有关基因趋向于集中在染色体低SNP频率区。
利用大量的转录组数据,科研人员阐了然枣椰果实的发育和成熟时期怪异的糖代谢变动。这种大规;蜃楹妥甲槭菸徊降囊婊蜃樽暄泻推渌亻悼浦参锏淖暄械於嘶。此表,该钻研还获得了第一个棕榈科植物—枣椰的叶绿体基因组序列,有助于相识棕榈科叶绿体基因组的结构特点,以及进化过程中基因组变异情况。
本合作项主张中方首席科学家、基因组所于军教授介绍,该钻研的基因组拼接质量较高,解析了椰枣从花期到发育成熟过程的基因表白谱,揭示了椰枣多糖成分代谢蹊径的几个关键转折点,为枣椰基因组学和各类组学钻研奠定了坚实的分子基础,拥有很高的实用价值。此表,文章还初次报路了植物基因组反复序列家族在分歧谱系中和谱系间的变动特点。
文章链接:http://www.nature.com/ncomms/2013/130806/ncomms3274/full/ncomms3274.html

椰枣果实分歧发育时期糖代谢有关基因的表白谱






