基因组所成功开发整合网络工具——iBIG
近日,北京基因组钻研所基因组科学与信息重点尝试室雷红星钻研员,携带其团队成功开发网页版整合网络工具——iBIG (integrative BIoloGy),该钻研成就《iBIG: An Integrative Network Tool for Supporting Human Disease Mechanism Studies》在Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB) 2013年第3期Gene Regulatory Networks (GRN,基因调控网络) 专刊上颁发。该工具整合了多种基因相互作用和调控信息,天生的基因网络能够进行各类信息注解并在线直接实现可视化,这种网页版的可视化方式为网络的美满提供了极大的方便。
此表,该工具还提供了一个附件R软件包ArrayPro。利用该软件包中提供的一系列函数能够对微阵列数据进行预处置;能够寻找差距表白基因,由今天生的重要基因列表通?杀挥米鱥BIG的基因输入;能够对基因列表进行职能富集分析;还能够构建职能?橥,利用iBIG也能够将职能?橥缭谙咧苯邮迪挚墒踊。
为了展示iBIG的效用,雷红星钻研员及其钻研团队网络了54组人类常见疾病的微阵列数据,构建了基因和职能两个层面的网络。这两个层面的网络为人类疾病致病机理的钻研提供了新的思路。
总的来说,iBIG是一个全新的网络构建和可视化工具,其特色在于整合了多种基因相互作用和调控信息,网页版的可视化方式,以及职能?橥绲墓菇。
iBIG链接:http://lei.big.ac.cn/ibig
R软件包ArrayPro链接:http://lei.big.ac.cn/download/open_download_page.
论文链接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022912001131

iBIG 架构图






